1、时间段不同。这是两个时期最大也是最明显的区别。侏罗纪是介于三叠纪和白垩纪中间的一个时期，这个时期的持续大约在一亿九千万年前到一亿四千万年前。而白垩纪则是从侏罗纪结束之后一直持续到了6600万年前。
2、两个时期的动物差别。虽然侏罗纪和白垩纪都有恐龙，而且恐龙是当时地球的主宰者。但是，侏罗纪是恐龙和其他生物繁衍生息最鼎盛的时期。三叠纪是恐龙和其他生物开始的时期，而侏罗纪则是鼎盛时期。这个时期是几乎所有的恐龙种类共存的一个时期，而且这个时期也是昆虫的发展期，各种各样的昆虫开始繁衍生息。而白垩纪则不同，经过了三叠纪和侏罗纪的发展和进化，到了白垩纪，许多大型的恐龙和一些蛇类以及小型的哺乳动物开始出现，而且在这个时期被子植物开始繁衍。
3、两个时期的地质也不同。其实，“纪”的划分就是根据不同时期的不同地质来决定的。比如泥盆纪就是因为有一层红色的砂岩沉积才得名的。而侏罗纪和白垩纪也是如此，侏罗纪是有一层灰岩沉积，而白垩纪则是有一层白垩沉积（白垩沉积是指碳酸钙的沉积物），而白垩沉积是最早的粉笔的原材料。